Запускаю (для проверки) gedit подменив ему $HOME - это чудо запускается с настройками пользователя. Запукскаю подменив так же $USER и $LOGNAME - один чёрт с настройками пользователя! Как оно узнает что лезть за конфигом надо в /home/user, а не в /home/$USER, /home/$LOGNAME или $HOME?C Shotwell та же история! А вот gnome-terminal ищет свои конфиги в $HOME и ведет себя как надо...
| 
Линейный вид
