Советую основательно просмотреть и проверить конфиги самой 1С , возможно настройки каких то параметров неверные или отсутствуют вообще.
Если из причин не связанных непосредственно с самой 1С то на ум приходит только одно - что процесс , который запускается, имеет недостаточно высокий приоритет и система просто его режет(возможно такое когда сервер основательно нагружен и не хватает либо мощности процессора либо памяти).
| 
Древовидный вид