Включил SEO ссылки на публикуемый материал перестали работать?

Добрый день! Я не сразу на своем сайте включил mod_rewrite, SEO, URL. Весь публикуемый материал отражался замечательно, после прочтения статей об поисковой оптимизации, все 3 вкладки вкючил, переименовал файл в .htaccess. Теперь главная страница отображается, работают меню, но часть ссылок на материал переходят на ошибку 404. Что может быть? Подскажите!