Чем отличается модели Лада 2109, Лада 21099 и Лада 21093?

Кроме кузова.

Обычно такие плизкие по производству модели толком ничем и не отличаются, им меняют название из-за отличия некоторых "внутренностей", ну и как вы упомянули кузова. Для потребителя это не имеет значения, для вас они почти одинаковы.