Ну раз дефрагментация второго раздела прошла успешно, то проблемы с железом отметаются (оперативка, мат.плата и HDD). Остается программная проблема - это ОС. Так как там стоит Windows 98SE, то наверняка ее штатная утилита не способна хорошо дифрагментировать раздел на ктором она же сама стоит. По этому советую использовать какую-нибудь программу для обслуживания HDD, например Ashampoo HDD Control 2
| 
Древовидный вид